为了打好这决定国运的关键一仗，日军进行了周密的部署。占领大连、金州一带后让部队休整10天。日军第一师团长山地元治精心挑选出1500名敢死队，准备与清军做决死较量。中日激战一触即发，而当政的慈禧太后却沉迷于自己的万寿庆典，挪用海军军费扩建颐和园。前线告急文书如雪片飞来，李鸿章心急如焚，而慈禧太后则视军国大事为儿戏，并警告朝廷官员勿搅雅兴，“谁让我不愉快，我就让谁不高兴!”
1894年11月20日，日军司令大山岩在旅顺李家屯西北的高地上召开各级将校会议，决定21日凌晨2时开始总攻击。 11月21日晨6时40分，日军逼近各炮台，上午8时就迅速攻下来椅子山的三个炮台。至晚上，旅顺半岛20多个炮台，一天内全部被日军占领，清军战死约2000余人。李鸿章经营旅顺16年，耗资数千万，船坞、炮台、军储的实力为北洋军之首，却不能守一天，最后仅抓了几个“替罪羊”交刑部治罪草草了事。 一目击战况的美国记者感叹道：“旅顺军港若换做美国士兵坚守，日军若不死伤万人、攻击数月，休想踏进旅顺半步!” 10年后，在仍于旅顺爆发的日俄旅顺要塞攻坚战中，日军攻击近半年，死伤6万将士才艰难地攻下俄军固守的旅顺要塞。旅顺203高地的山坡上，日军陈尸近万具。而在中日甲午旅顺之战中，日军的损失仅为微不足道的280人……东乡平八郎对清军低劣战力的预判得以验证。
旅顺大屠杀中，许多血性居民奋起抗争，宁死不屈。
[i]埋葬旅顺大屠杀死难者的万忠墓[/i]
据战后资料曝光，日军指挥官战前就下发了“不留活口”的密令，“我们养活不了那么多俘虏，既要给他们治伤，又要供吃供喝，这是我军所无力承受的! ”日军司令大山岩指令道。
一边重金贿赂希求美化，一边竭力封杀真实声音，像克里曼这样进行真实报道的记者，均遭日本政府的孤立冷对，甚至人身安全都受到威胁。
与此同时，日本还大耍两面派手段，对国际红十字会的救援一律回拒，假称“已将受伤人员送入我军野战医院疗养，红十字会所送物资我军代为转交。 ”
在此后进行的威海卫战役后，日本的战地红十字会主动为受伤的清军提供医疗服务，释放了所有俘虏，并准予中国军舰“康济”号在高级军官们护送下，载运战败自杀的北洋水师提督丁汝昌的灵柩离开。
所有这些举措，都在西方记者和军事观察员的众目睽睽下进行，并通过公开的报道和秘密的情报渠道向全世界传播，大大扭转了旅顺大屠杀造成的恶劣印象。英国法学泰斗胡兰德就盛赞这是“日本作为成熟的文明国家的标志性事件”。但事实上，这支所谓“文明之师”中的很多成员，正是参与旅顺大屠杀的同一批人。而当时的清政府却压制国内报刊发行，严格限制国内舆论宣传，反让日本抢占话语权，将屠杀暴行由黑抹白。日本教科书对旅顺屠杀只字不提，很多年后，一日本作家来大连旅游，发现一本翔实记载旅顺大屠杀的图书，看罢骇然，回国后经艰苦调查，终出书立说，将当年的历史真相告知同样被当局欺骗的日本国民。
为遮掩和毁灭屠杀罪证，从1894年11月下旬到翌年的1月中旬，日军先是对旅顺市街的被害者尸体进行了清理和草草掩埋，继而焚尸灭证。日军及其殖民机构将从市街里和水师营等处抓来的中国人编成三组抬尸队，分别把尸体抬到三个地方焚烧。第一处为现今万忠墓的沟下，这里焚烧的尸体最多；第二处为修建船坞时的旧窑处，现今为顺山街沟里；第三处是黄金山东麓，这就是由于日军在旅顺大屠杀形成的第一批万人坑。 焚尸的材料用的是煤炭和木船的船板与木块，并配有煤油。焚烧过程中，日军用铁条、铁管做成支架，将死者尸体支起来，以使其充分燃烧。骨灰集中在三口大棺材内，丛葬于现在的万忠墓处。“万忠墓”坟前立一木桩，写有“清军将士战亡之所”的字样，借以欺骗世人，掩饰屠杀焚烧包括妇女儿童在内的平民和俘虏的罪行。日军侵华后，曾几度欲平毁、拆迁万忠墓，遭到中国民众的强烈抵制。
万忠墓后经发掘清理，重新安葬，揭开了很多鲜为人知的内容。遗骨中既有成年人，也有少年、儿童。墓中有一块骨片厚仅1毫米，经著名考古学家孙守道先生鉴定，证明是幼儿头骨。出土的玉石手镯、玻璃料手镯、玻璃料串珠、玉石装饰品等，显然都是妇女、儿童佩戴的饰物。这些铁的事实戳穿了所谓被杀害者为“清国阵亡将士”的谎言，旅顺万忠墓中国死难同胞的遗骨和遗物，是日本侵略军野蛮屠杀旅顺人民的历史见证!
[blockquote] 今天，当我们重阅那些淌血的文字记载，仍不免心惊肉跳，战栗不已。这究竟是一场蓄意的空前谋杀，还是一个民族压抑许久的集体无意识犯罪?在血色斑驳的旅顺屠杀遗迹前，我们又如何索解一个拥有“菊花与军刀”二元人格的海岛国民的复杂人性图谱?忘记历史就是背叛，尘封的历史同样能指引未来，回首那个不堪回首的凄惨岁月，让忏悔者忏悔，让反思者反思!
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